Причины проблемы вы сами указали:
1.
- от этого незначительно страдает биофильтрация
2.
- у вас подложка, которая частично ушла в толщу воды
Тест на аммиак и нитрит когда сделаны - после армагеддона? По идее они должны хотя бы незначительно определяться.
Как бы поступил я: обнулил бы воду в течение недели (ежедневные подмены по 15-20 %).
Беда только в том, что аквариум после этих всех манипуляций всё равно будет в дисбалансе и неизвестно, что у вас вылезет. Да и сине-зеленые тоже не просто так были, а скорее всего благодаря подложке.